実労働時間の立証方法としては、まずはなんといってもタイムカードとなります。
その他、ICカード、日報の時間欄、入退室記録、警備会社がある場合には事業場の鍵の開閉記録等があります。
また、パソコンを立ち上げた時刻とシャットダウンした時刻というものも挙げられます。
以下、詳しく説明します。

１　タイムカード等の客観的な記録によって時間管理がなされている場合

まずは、タイムカードがある場合にはその通りに労働者が働いていた、ということとなります。
タイムカードが不正確であると会社側が主張する事がありますが、これは実際には中々困難であり、1回・2回、の不正確な打刻があったとしても、その日の労働時間を減らせるだけであり、全体としてのタイムカードの不正確性までを証明するということにはならないでしょう。タイムカードの打刻時刻の不正確性が頻繁に証明できたときに全体としてのタイムカードに基づく労働時間の不正確性がいえるでしょう。現実には困難な作業となります。
また、「就労時間中にインターネットを頻繁に見ていて労働をしていなかった。その時間分は労働時間から控除するべきである」という主張を会社側がする例は多いのですが、中々難しい問題があります。
①やらなければならない作業が目の前にあるにもかかわらず、業務と関係ないがインターネット等を見ていた時間は労働時間から控除できるでしょう。他方、②差し当たって目の前に作業がないが、電話番等をしていたというような場合（『手待ち時間』と表現します。）に業務と関係ないインターネットをみていたとしても、これは労働時間と評価されます。

２　業務上作成した日報や作業報告書によっても労働時間が認定され得ます。

労働者が自ら作成した日報があり、そこに勤務時刻が記載あるような場合は、一応その時間が労働時間と判断されるでしょう。もっとも、他の証拠（パソコンのシャットダウンした時刻と日報の作業終了時刻に大きな違いが頻繁にあるような場合など）との整合性が疑わしいような場合には日報による労働時間の認定は難しくなるでしょう。
労働者が作成したメモについても同様です。もっとも、日報は上司に提出する者であり上司のチェックを恒常的に受けるものですが、労働者のメモはあくまで自分自身のためのものであり上司のチェックは受けないので、メモは日報ほどの信用性は持たないと考えて良いでしょう。上司が定期的にチェックをしていたか否か、というのは大きな違いを生むでしょう。

３　はっきりとした証拠が無い場合

はっきりとした証拠（タイムカードや上司のチェックを受けた日報など）が無い場合でもその他の証拠の積み重ねによって実労働時間を推認する方法があります。労働者の言い分の2分の1について認めたものや大凡の推定で労働者を保護したものが裁判例ではあります。